Misija FU je da kroz nastavno-naučni i istraživački rad  i saradnju sa svim relevantnim subjektima u okruženju educira stručne, kvalitetne, kreativne i međunarodno kompetentne kadrove i time doprinosi unaprjeđenju upravne djelatnosti u BiH i šire, posebno unaprjeđenju reforme javne uprave u BiH u kontekstu tranzicijskih i integracijskih procesa. FU je ustanova visokog obrazovanja koja konstantno doprinosi razvoju obrazovne i naučno-istraživačke djelatnosti te afirmaciji akademskog kadra i akademske zajednice kao inicijatora i subjekata pozitivnih razvojnih procesa i promotora univerzalnih, humanih i  demokratskih vrijednosti i dostignuća. FU zagovara i realizira kulturu kvaliteta kao vlastiti funkcionalni princip ugrađujući ga u obrazovni proces tako da osigura edukaciju stručnih kadrova koji profesionalno i kvalitetno izvršavaju svoje radne i društvene obaveze u bosanskohercegovačkom, evropskom i svjetskom, političkom, društvenom, pravnom, socijalnom i kulturnom ambijentu.