Drugi ciklus studija na fakultetu  organizira se i izvodi u skladu sa Pravilima studiranja za II ciklus studija na Fakultetu za upravu u Sarajevu i Pravilima studiranja za II ciklus studija na Univerzitetu u Sarajevu.

Drugi ciklus studija organizira se i izvodi u skladu sa pravilima zasnovanim na evropskom sistemu prijenosa bodova (ECTS).

Master studij “Upravljanje projektima Evropske unije” u trajanju od jedne godine odnosno dva semestra, namijenjen je studentima koji su završili četverogodišnji studij po bolonjskom konceptu studija i ostvarenim  180 ECTS kredita  ili studentima koji su završili studij po predbolonjskom konceptu studija u trajanju od četiri godine. Studij se izvodi u dva semestra, a uključuje izvođenje nastave iz šest obaveznih i jednog izbornog predmeta, te izradu završnog –  magistarskog rada.

Okončanjem studija odnosno odbranom završnog – magistarskog rada stječe se zvanje Magistar uprave – smjer upravljanje projektima Evropske unije.